A Lagoa Negra está situada no interior da caldeira da Serra de Santa Bárbara, a 1021 metros de altitude numa zona de grande pluviosidade com chuvas intensas mas sazonais com maior frequência no Inverno.
Enquadra-se num habitat de montanha com águas oligomesotróficas da região medioeuropeia e perialpina com vegetação aquática, com referência às espécies Littorella uniflora e Isoetes azorica.
É uma lagoa de pequenas dimensões, rodeada de grandes e abundantes turfeiras que ajudam a reter a controlar a aguais contribuindo assim para a continua alimentação da lagoa bem como para a alimentação da tolha freática da ilha.
Devido à sua localização dentro da Caldeira do vulcão da Serra de Santa Bárbara encontra-se também dentro da área abrangida pelo Sítio de Importância Comunitária da Serra de Santa Bárbara e Pico Alto que se desenvolve desde o nível do mar até às montanhas. Neste SIC está representada a maioria dos tipos de ecossistemas naturais dos Açores. Existem neste SIC diversos exemplos de espécies e habitats protegidos por Legislação Comunitária (Directiva 92/43/CEE) e Nacional (Decreto-Lei n.° 140/99).
Ver também thumb|right|250px|Lagoa Negra, pormenor, ao fundo mata endémica. Lista das lagoas dos Açores Chã das Lagoinhas Lagoa do Negro Lagoa das Patas (ou da Falca) Lagoa do Ginjal Lagoinha
Referências Livro: Áreas Ambientais dos Açores, Editado pela Secretaria Regional do Ambiente e do Mar, Governo Regional dos Açores, 2005. Livro: Descubra Portugal – Açores e Madeira.Edt. Ediclube 1998. Guia Turístico, Açores Natureza Viva, nº 2 de 2003/2004. Edt. Clássica – Publ. Pub. e Mark. E Formação, Lda. Livro: Em Louvor da Terceira. De Francisco Ernesto de Oliveira Martins, 1992. Edt. Seretaria Reg. Do Turismo e Ambiente, Del. de Turismo da Ilha Terceira. Áreas Ambientais dos Açores. Edic. Secretaria Regional do Ambiente, 2004.
Lagoa Negra ILha Terceira