W połowie grudnia 1942 roku obóz w Bełżcu zaprzestał przyjmowania transportów, a jego załodze powierzono zadanie wydobycia i spalenia blisko 450 tys. zwłok, które pogrzebano na terenie obozu. Po zakończeniu akcji zacierania śladów zbrodni Dubois uczestniczył w pracach związanych z likwidacją obozu. Opuścił Bełżec jako jeden z ostatnich esesmanów. Wczesnym latem 1943 roku został przeniesiony do obozu zagłady Sobiborze. Był jednym z esesmanów sprawujących nadzór nad „komandem leśnym” (Waldkommando), które pozyskiwało drewno budowlane i opałowe w lasach wokół obozu. Między innymi dowodził komandem w dniu 20 lipca 1943 roku, gdy część jego więźniów podjęła próbę zbiorowej ucieczki, zakończoną schwytaniem i rozstrzelaniem większości z nich. Odpowiadał także za obozową zbrojownię. Z zeznań innych esesmanów oraz ocalałych więźniów wynika ponadto, że uczestniczył w przyjmowaniu transportów na obozowej rampie oraz w pędzeniu ofiar do komór gazowych.

Po południu 14 października 1943 roku, gdy w Sobiborze wybuchło powstanie więźniów, przebywał w obozowej zbrojowni. W czasie ataku powstańców został ciężko ranny;