W kolejnych tygodniach Fuchs pracował jako kierowca ciężarówki, którą dostarczano do obozu materiały budowlane. W kwietniu 1942 roku na rozkaz Wirtha udał się do Lwowa. Zabrał stamtąd zdobyczny sowiecki silnik, który zawiózł następnie do nowo powstającego obozu zagłady w Sobiborze. Spaliny wytwarzane przez to urządzenie miały służyć do mordowania ofiar w komorach gazowych. Fuchs zainstalował silnik przy pomocy Ericha Bauera, po czym wziął udział w próbnym zagazowaniu kilkudziesięciu żydowskich kobiet. W Sobiborze przebywał jeszcze przez kilka tygodni, uczestnicząc w gazowaniu ofiar i udzielając Bauerowi instrukcji w tym zakresie.
Nieco później został wysłany do nowo powstającego obozu zagłady w Treblince, gdzie spędził trzy lub cztery miesiące. Twierdził, że jego głównym zadaniem było zainstalowanie generatora, który zaopatrywał obóz w energię elektryczną. Powrócił następnie do Bełżca, gdzie przebywał do grudnia 1942 roku, po czym – jak podaje Michael Bryant – został ponownie przeniesiony do Treblinki.