Podawana niekiedy dla rozpoczęcia prac nad wznoszeniem kościoła data 1610 jest więc raczej błędna, bardziej prawdopodobny jest rok 1624. Budową kierowali architekci sprowadzeni najprawdopodobniej z Lipska. Kościół został zaplanowany na rodowe mauzoleum Ligęzów. Podobnie jak Mała Synagoga czy rozbudowany wówczas zamek, wszedł w skład nowego systemu fortyfikacyjnego miasta. Z wzniesienia otoczonego sztucznym jeziorem, w bezpośrednim sąsiedztwie potoku Mikośka, pełnił rolę wysuniętego fortu narożnego, flankując od zachodu bramę Murowaną, która przyjmowała ruch w kierunku miasta z północy, wschodu i zachodu. Stanowił schronienie dla ludności cywilnej w razie zagrożenia, a jego wieża wyposażona była w strzelnice. Obejmował także upust kontrolujący poziom wody w jeziorze, które zasilało fosę zamkową. Ligęza sprowadził do Rzeszowa braci bernardynów i przekazał im kościół po jego ukończeniu w 1629, dedykując go „najświętszej Błogosławionej Pannie Maryi Patronce mojej”.