Miało to być jego jedyne doświadczenie na wyższym stanowisku kościelnym przed mianowaniem go biskupem.
W 1906 Caruana powrócił do opactwa Fort Augustus, gdzie został mianowany kapelmistrzem wspólnoty. Przez kolejne lata angażował się również w działalność kaznodziejską w różnych miejscach w Szkocji i Anglii, w tym w katedrze westminsterskiej w Londynie, gdzie wygłosił cykl kazań wielkopostnych. Był szczególnie mile widziany przez włoską społeczność imigrantów w Wielkiej Brytanii ze względu na biegłą znajomość ich języka.
Biskup W grudniu 1914 Caruana został wysłany do Brazylii z misją kaznodziejską. W drodze na misje zatrzymał się na Malcie, aby spędzić czas z rodziną. W styczniu następnego roku został wezwany do Rzymu, gdzie dowiedział się, że papież Benedykt XV mianował go biskupem Malty. Został konsekrowany 10 lutego 1915 w bazylice Santa Maria in Trastevere przez Sekretarza Stanu Stolicy Apostolskiej kardynała Rafaela Merry del Val. Dzień ten miał szczególne znaczenie, ponieważ na Malcie obchodzony jest jako święto rozbicia się statku św. Pawła Apostoła, a przez benedyktynów jako święto św. Scholastyki, siostry św. Benedykta.