Za zgodą ojca udał się następnie do Wielkiego Pałacu, gdzie został koronowany przez patriarchę. Kiedy matka dowiedziała się o tym przywołała do siebie Jana i namawiała go, by zrzekł się władzy. Jako że nic nie wskórała u niego udała się do Bryenniosa, by przejął władzę siłą. Wreszcie udała się do łoża męża, by oskarżyć przed nim syna, że jeszcze za życia ojca objął władzę i zmierza do buntu. Nadzieje stronnictwa Anny ostatecznie się nie zrealizowały. Działający energicznie Jan, przy pomocy brata Izaaka, zdołał opanować Wielki Pałac i został proklamowany cesarzem 16 sierpnia 1118 roku.
Spisek W rok po śmierci Aleksego Anna stanęła na czele spisku zawiązanego w celu zamordowania i obalenia nowego cesarza i osadzenia na tronie swego męża Nicefora Bryenniosa. Mąż podchodził sceptycznie do jej działań, lojalny wobec Jana II Komnena. W decydującej chwili zwyczajnie uciekł. Nicetas Choniates, jedyne źródło informacji o tym sprzysiężeniu, informuje, że Anna w niewybrednych słowach wyrzucała potem mężowi słabość charakteru. Współczesny Annie, Konstantyn Manasses porównywał ją nie bez powodu z egipską Kleopatrą. Po wykryciu spisku cesarz poniechał zemsty na zamachowcach.