Można ją ograniczyć stosując inhibitory proteaz i obniżoną temperaturę.
Techniki rozdzielania białek Rozdział ze względu na wielkość Wirowanie Użycie wirówek pozwala rozdzielić cząstki w roztworze (np. organelle komórkowe, cząsteczki) różniące się masą lub gęstościami. Osiadają one bowiem na dno probówki w różnym tempie – cięższe lub o większej gęstości osiadają szybciej. Białka mogą bardzo różnić się między sobą masą, ale nie gęstością (jeśli nie są połączone z lipidami czy węglowodanami, zwykle ich gęstość mieści się w granicach 1,37 g/cm3 ± 15%). Ultrawirówki mogące uzyskać przyspieszenie 1 000 000 × g potrafią efektywnie rozdzielać cząstki o rozmiarach do 10 kDa; cząstki o mniejszych rozmiarach nie będą osadzać się równomiernie.
Wirowanie frakcjonujące powszechnie stosuje się na początkowym etapie oczyszczania białek, aby oddzielić rozpuszczalne białka od nierozpuszczalnych części komórki. Po odwirowaniu komórkowego homogenatu otrzymuje się osad na dnie probówki złożony z organelli komórkowych oraz roztwór białek w supernatancie.