W 1966 wraz z częścią wydziału przeniósł się do Szczecina, gdzie w Wyższej Szkole Rolniczej utworzono Wydział Rybactwa Morskiego i objął funkcję kierownika Zakładu Anatomii i Embriologii Ryb. W 1968 na podstawie monografii Rola i właściwości osłonek jajowych ryb łososiowatychAkademia Rolnicza w Szczecinie w latach 1954–1979 (red. Marian Kubasiewicz). Wydaw. Akademii Rolniczej w Szczecinie, Szczecin 1979, s.258. otrzymał stopień doktora habilitowanego nauk przyrodniczych w zakresie fizjologii ryb i został docentemElżbieta Skórska. Aleksander Winnicki – biogram w Encyklopedii Pomorza Zachodniego pomeranica.pl (dostęp 06.11.2025). W 1976 otrzymał tytuł profesora nadzwyczajnego nauk rolniczych w zakresie rybactwa, a w 1994 – profesora zwyczajnego.
Profesor Winnicki przez 33 lata kierował Zakładem Anatomii i Embriologii Ryb (1966-1999), 12 lat pełnił funkcję dyrektora Instytutu Ichtiologii, a przez 17 lat był dziekanem Wydziału Nauk o Żywności i Rybactwa Akademii Rolniczej w Szczecinie (1972-1981, 1984-1990)Jubileusz 70-lecia Wydziału Rybactwa Morskiego i Technologii Żywności. Szczecin 2022, s.127-148. W 1999 przeszedł na emeryturę, jednak nadal uczestniczył w życiu Wydziału i Uczelni.